La méthanisation permet non seulement de produire de l'énergie, mais aussi des amendements organiques (digestat). L'épandage du digestat se substitue à l'utilisation des engrais chimiques préfabriqués, matériaux dont la production a consommé de l'énergie. Le gain d'énergie est donc double. Le cycle de matière, c'est-à-dire utiliser des engrais obtenus par transformation biologique des déchets organiques, se referme.

La matière organique sortant du digesteur, appelée digestat, est un mélange pâteux qui peut être séparé en deux fractions: une solide et une autre liquide. Après une phase de maturation de quelques jours, le digestat solide correspond à un terreau de bonne qualité. Ce dernier peut être certifié par l'Institut de Recherche de l'Agriculture Biologique (FiBL) en vue d'une utilisation en agriculture biologique. Le digestat liquide est aussi un amendement organique; il peut être directement épandu sur les champs.

Les technologies proposées par l'entreprise Kompogas AG permettent de digérer un mélange plus ou moins solide de déchets organiques. Le digesteur est alors maintenu à une température comprise entre 55 et 60°C. Un temps de séjour de 15 à 20 jours permet l'hygiénisation de la matière organique, c'est-à-dire la destruction des graines de mauvaises herbes et autres agents pathogènes.

Lors de la digestion de type agricole, les engrais de ferme et les cosubstrats restent entre 30 et 150 jours dans le digesteur. Ce long temps de séjour assure un excellent dégazage et une forte réduction des odeurs. Suivant la nature des cosubstrats, une phase préliminaire d'hygiénisation est nécessaire avant leur introduction dans le digesteur. Les installations modernes sont aujourd'hui, pour la plupart, équipées d'un séparateur. Le digestat est dirigé vers le séparateur à sa sortie du digesteur. Les fractions liquides et solides du digestat sont riches en fertilisants; elles représentent donc des engrais organiques idéaux.

L'utilisation de la fraction liquide est facile ; son apport aux plantes est efficace et sans effet secondaire. La fraction liquide peut, dans certains cas, être traitée par des procédés techniques, tels que l'ultrafiltration et l'osmose inverse. Ces traitements captent totalement les fertilisants contenus dans le digestat liquide. Il en résulte un liquide résiduel totalement exempt d'éléments nutritifs pour lequel il n'y a pas besoin de plans d'épandage. Dans les régions à forte densité de bétail, ces procédés permettent d'optimiser la gestion des engrais de ferme.