Les cantons sont les partenaires les plus importants du programme Suisse Energie. Ils disposent de leurs propres services de l'énergie, ainsi que des services d'information en matière d'énergie et des mesures promotionnelles. L'accomplissement des buts de Suisse Energie repose en grande partie sur eux.

23 cantons ont instauré une loi spécifique sur l'énergie. Les systèmes d'incitation mis en place au travers des mesures promotionnelles fonctionnent relativement bien. Dans le cadre de leur politique énergétique, la plupart des services cantonaux de l'énergie s'intéressent particulièrement aux énergies renouvelables telles que le biogaz.

Exemples d'une stratégie énergétique cantonale
Le Plan de Gestion des Déchets 2003-2007 du canton de Genève traite spécifiquement du cas de la méthanisation. En effet, ce canton dispose d'une installation de méthanisation, couplée à une compostière, pour traiter les biodéchets. Genève a donc instauré un système de collectes sélectives des déchets organiques, qui a fait ses preuves au vu des quantités collectées. La capacité maximale de traitement des déchets étant aujourd'hui dépassée, il est prévu de compléter l'installation de méthanisation par une deuxième unité d'une capacité de 10'000 tonnes par an. Ceci permettra aussi de faire face au fort potentiel de déchets de cuisine qu'il reste à collecter et à la prise en charge des lavures actuellement utilisées en affouragement porcin.

Le canton de Vaud a aussi inclus dans son Plan de Gestion des Déchets un volet sur la méthanisation des déchets organiques. Les compostières existantes ne pouvant traiter de manière optimale de fortes quantités de déchets organiques humides, le canton prévoit, dans son plan de gestion, la construction d'unités de méthanisation. Il précise aussi que, dans les régions rurales, la codigestion de déchets fermentescibles et d'engrais de ferme par des exploitations agricoles pourrait offrir des perspectives intéressantes.

Le canton de Berne soutient, quant à lui, l'utilisation du biogaz-carburant. Il spécifie néanmoins qu'il n'encourage pas à cette fin le développement des cultures énergétiques en agriculture. Il promeut, par contre, la valorisation régionale des lisiers, fumiers, déchets agricoles et des résidus organiques des collectes sélectives. Il veut créer des conditions cadres permettant de valoriser au mieux la chaleur produite à partir de la biomasse (voir Stratégie énergétique 2006 du canton de Berne).